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Bactériologie médicale 3rd Edition by Vincent Cattoir, François Denis, Christian Martin, Marie-Cécile Ploy, Claire Poyart – Ebook PDF Instant Download/DeliveryISBN:  2294747127, 9782294747120 

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ISBN-10 :  2294747127 

ISBN-13 ‏: ‎ 9782294747120

Author:   Vincent Cattoir, François Denis, Christian Martin, Marie-Cécile Ploy, Claire Poyart 

Le succès des précédentes éditions et l’évolution de la discipline justifient pleinement cette nouvelle édition, entièrement mise à jour. Plus qu’une simple réactualisation, il s’agit d’une refonte en profondeur de l’ouvrage prenant en compte les nouvelles avancées de la discipline. L’ouvrage a bénéficié de la contribution spécifique d’une vingtaine de nouveaux auteurs. Chaque domaine est traité par un ou plusieurs microbiologistes ayant une pratique et une expérience directe du champ concerné. Véritable synthèse de la spécialité, en même temps qu’ouvrage de paillasse utilisable au quotidien, ce manuel est organisé en quatre parties : – Technologies générales – Étude bactériologique syndromique des produits pathologiques – Identification et systématique bactérienne – Rôle du laboratoire dans l’instauration et la surveillance d’un traitement antibiotique Au sein de ces parties, plus de quarante chapitres abordent les germes sous l’angle taxonomique, mais aussi dans leur ensemble, dans le contexte des produits pathologiques. Les différents problèmes de gestion d’un laboratoire de bactériologie comme l’automatisation, l’accréditation, la sécurité, sont également abordés. Les chapitres sont facilement consultables et les informations recherchées très accessibles par un recours important aux encadrés, aux tableaux, ainsi qu’à des schémas et dessins originaux. Cet ouvrage s’attache à présenter aussi bien les démarches diagnostiques « historiques » pasteuriennes, que des méthodes de pointe basées sur les approches spectrométriques (avec la révolution apportée par le MALDI-TOF), génomiques, antigéniques, protéiques seules ou combinées. Il s’adresse aux bactériologistes, débutants ou confirmés, à tous les biologistes et cliniciens, mais également, à toutes les personnes désireuses de suivre la révolution de la microbiologie de ces dernières années.

Bactériologie médicale 3rd Table of contents:

Partie I: Technologies générales
Chapitre 1: Remarques liminaires
Chapitre 2: Microbiotes humains
Généralités
Techniques d’étude
Conclusion
Chapitre 3: Du prélèvement à la caractérisation des souches
Les prélèvements
Schéma de la démarche
Examen microscopique
Culture et isolement des bactéries
Tests biochimiques utilisés dans l’identification des bactéries
Introduction
Technique de séquençage de l’ADN
Technique de restriction enzymatique
Techniques d’amplification génique fondées sur la PCR
Techniques fondées sur le séquençage complet ou whole genome sequencing (WGS)
Choix de la technique
Conclusion
Chapitre 4: Apports et limites actuelles de la sérologie en bactériologie
Principes et limites de la sérologie bactérienne
Techniques disponibles
Avancées techniques
Applications utiles
Chapitre 5: Tests de diagnostic rapide (TDR) en bactériologie
Introduction
TDR utilisés pour les diarrhées infectieuses
TDR utilisés pour les pneumopathies infectieuses
TDR utilisés pour les angines
TDR utilisés pour les infections urogénitales
TDR utilisés pour la recherche de mycobactéries
TDR utilisés pour la recherche de germes pathogènes ou des bactéries hautement résistantes aux antibiotiques émergentes (BHRe)
Conclusion
Chapitre 6: Automatisation et systèmes d’information
Introduction
Rappels des étapes de l’analyse cytobactériologique et état actuel de l’automatisation
Les raisons d’automatiser la bactériologie
Structures et fonctionnalités des chaînes de bactériologie
Les freins à l’automatisation en bactériologie
Solutions automatisées disponibles à ce jour
Conséquences de l’automatisation
Conclusion
Chapitre 7: Internet et bactériologie médicale
Introduction
Historique
Quels sont les apports d’Internet pour un bactériologiste ?
Carnet d’adresses
Moteurs de recherche
La bio-informatique
Conclusion
Chapitre 8: Sécurité biologique au laboratoire de bactériologie
Risque infectieux
Conception du laboratoire
Protections individuelles
Gestes de routine
Risques particuliers : biologie moléculaire, organismes génétiquement modifiés (OGM)
Gestion des déchets
Conclusion
Chapitre 9: L’accréditation au laboratoire de bactériologie
Introduction
Définitions
Comité français d’accréditation (COFRAC)
QUAMIC (Groupe QUAlité Microbiologie)
Chapitre 4 de la norme : le système de management de la qualité
Chapitre 5 de la norme : exigences techniques
Organisation de l’évaluation
Conclusion
Références réglementaires
Références normatives générales
Documentations Cofrac
Pour en savoir plus
Chapitre 10: Microbiologie en post mortem
Flore bactérienne ante mortem et post mortem
Diagnostic microbiologique sur cadavre
Cas particulier de la mort « subite » du nourrisson et de l’enfant
Précautions à respecter lors de la conservation des corps des autopsies et de la mise en bière
Conclusion
Pour en savoir plus
Chapitre 11: Incidents d’origine bactérienne liés aux greffes et transfusions: Rôle du laboratoire et contrôle microbiologique des tissus, cellules et matériel biologique à usage thérapeutique
Produits thérapeutiques d’origine humaine
Incidents transfusionnels
Contrôles microbiologiques
Partie II: Étude bactériologique syndromique des produits pathologiques
Chapitre 12: Généralités
Chapitre 13: Bactériémies et endocardites
Vitalité des corps bactériens dans les flacons d’hémoculture
Milieux d’hémocultures
Systèmes
Prélèvements
Traitement des flacons ensemencés
Bactériémies à point de départ de dispositif intravasculaire
Introduction
Micro-organismes
Physiopathologie
Diagnostic
Traitement
Conclusion
Pour en savoir plus
Chapitre 14: Diagnostic bactériologique et suivi biologique des méningites bactériennes
Prélèvement de LCR
Autres prélèvements
Démarche diagnostique
Autres examens biologiques
Déclaration à l’Agence régionale de santé (ARS) et envoi des souches au CNR
Chapitre 15: Diagnostic bactériologique des infections gastro-intestinales
Introduction
Étiologie bactérienne des gastro-entérites aiguës
Objectifs de l’examen microbiologique des gastro-entérites
Prélèvement et transport
Démarche diagnostique
Conclusion
Chapitre 16: Examen cytobactériologique des urines (ECBU)
Données physiopathologiques
Prélèvement et acheminement
Techniques d’analyse au laboratoire
Interprétation des urocultures
Contextes particuliers
Chapitre 17: Diagnostic bactériologique des infections ORL et pulmonaires
Introduction
Prélèvements pharyngés
Prélèvements auriculaires
Prélèvements nasal et rhinopharyngé, pus de sinus
Conclusion
Introduction
Rappels anatomocliniques
Pathogenèse
Diagnostic bactériologique direct
Diagnostic bactériologique indirect
Cas particuliers de la mucoviscidose
Conclusion
Chapitre 18: Infections cutanées
Introduction
Prélèvements
Diagnostic
Conclusion
Introduction
Physiopathologie
Pathogenèse
Prélèvements
Démarche du diagnostic bactériologique
Conclusion
Chapitre 19: Suppurations profondes
Introduction
Prélèvements
Diagnostic bactériologique
Conclusion
Chapitre 20: Infections ostéoarticulaires
Introduction
Définitions
Physiopathologie des IOA
Germes fréquemment impliqués dans les IOA
Diagnostic microbiologique des IOA
Diagnostic moléculaire
Conclusion
Chapitre 21: Infections oculaires
Introduction
Rappel anatomoclinique
Diagnostic bactériologique
Conclusion
Chapitre 22: Infections génitales chez l’homme
Introduction
Ulcérations génitales
Urétrites
Prostatites, épididymites et orchiépididymites
Rôle du laboratoire dans la surveillance de l’infection
Chapitre 23: Infections génitales chez la femme
Introduction
Rappel anatomique
Pathogenèse
Diagnostic bactériologique
Conclusion
Chapitre 24: Infections maternofœtales
Introduction
Rappel clinique
Pathogénie
Diagnostic bactériologique direct
Chapitre 25: Prélèvements bactériologiques et assistance médicale à la procréation
Introduction
Diagnostic bactériologique direct chez l’homme
Diagnostic bactériologique direct chez la femme
Diagnostic bactériologique indirect
Contrôle des milieux de culture
Partie III: Identification et systématique bactérienne
Chapitre 26: Orientation générale
Chapitre 27: Taxonomie bactérienne à l’heure des technologies nouvelles de la taxonomie polyphasique à la taxogénomique
Introduction : la taxonomie et le concept d’espèce
Aspects de la variation bactérienne
Taxonomie polyphasique
Les technologies « omiques » comme outils taxonomiques (taxon « omiques »)
La protéomique et la spectrométrie de masse MALDI-TOF pour la taxonomie bactérienne
La génomique pour la taxonomie bactérienne (génotaxonomique)
Pertinence de la métagénomique pour l’évolution de la taxonomie bactérienne
Conclusion et perspectives
Sites internet
Chapitre 28: Cocci à Gram positif
Différenciation des genres Staphylococcus, Arthrobacter, Kocuria, Micrococcus et Rothia
Genres Micrococcus, Arthrobacter, Kocuria et Rothia
Genre Staphylococcus
Introduction
Le genre Streptococcus
Streptocoques des groupes A, C et G : Streptococcus pyogenes et Streptococcus dysgalactiae
Le genre Enterococcus
Genres Abiotrophia, Granulicatella et Globicatella
Résistance aux antibiotiques des streptocoques et entérocoques β-lactamines résistants
Démarche diagnostique
Chapitre 29: Cocci à Gram négatif
Habitat, pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique direct
Prise en charge et prophylaxie des infections invasives à méningocoque
Chapitre 30: Bacilles à Gram négatif aérobies et aéro-anaérobies
Généralités
Tribu des Escherichiae (entérobactéries VP –, TDA – et uréase –)
Groupe KES (entérobactéries VP +), tribu des Klebsiellae
Tribu des Proteae (entérobactéries TDA +)
Généralités
Genre Vibrio
Genre Aeromonas
Genre Plesiomonas
Généralités
Genre Pseudomonas
P. aeruginosa et groupe « fluorescent »
Genres Burkholderia, Ralstonia, Pandoraea, Comamonas, Acidovorax, Delftia, Brevundimonas et Stenotrophomonas
Genres Ralstonia, Cupriavidus et Pandoraea
Genres Comamonas, Acidovorax, Delftia, Brevundimonas et Stenotrophomonas
Famille des Flavobacteriaceae et autres genres
Généralités
Pouvoir pathogène et habitat
Prélèvements
Examen direct
Milieux de culture
Diagnostic
Recherche de facteurs de virulence
Sensibilité aux antibiotiques
Conclusion
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Prélèvements
Transport
Culture
Sensibilité aux antibiotiques
Vaccins
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Sensibilités aux antibiotiques
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique direct
Sensibilité aux antibiotiques
Diagnostic indirect : sérodiagnostic
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Diagnostic direct sur échantillon biologique
Diagnostic indirect
Sensibilité aux antibiotiques
Prophylaxie
Généralités
Taxonomie
Culture
Identification
Antibiogramme
Description des bactéries du groupe HACEK
Bactéries apparentées
Généralités
Habitat, maladie
Diagnostic direct
Diagnostic indirect : sérodiagnostic
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique direct
Diagnostic d’espèce
Diagnostic génomique
Diagnostic protéique
Sérodiagnostic (Tableau 30.46 et Fig. 30.34)
Démarche diagnostique
Épidémiologie et habitat
Physiopathologie
Pouvoir pathogène
Diagnostic biologique
Détermination de la sensibilité aux antibiotiques et traitement
Surveillance
Chapitre 31: Bacilles à Gram négatif microaérophiles
Généralités
Épidémiologie et pouvoir pathogène
Infection à Campylobacter jejuni
Infection à Campylobacter fetus
Infections provoquées par les autres Campylobacter
Physiopathologie
Diagnostic
Diagnostic bactériologique direct
Détermination de la sensibilité aux antibiotiques
Diagnostic sérologique
Introduction
Habitat et pouvoir pathogène
Indications du diagnostic
Diagnostic direct
Diagnostic indirect : sérodiagnostic
Changements récents de stratégie diagnostique et thérapeutique
Détermination de la sensibilité aux antibiotiques
Conclusion
Chapitre 32: Bacilles à Gram positif (à l’exception des anaérobies)
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Corynebacterium du complexe diphtheriae
Corynebacterium non diphtériques
Genres apparentés corynéformes
Diagnostic bactériologique
Sensibilité aux antibiotiques et traitement
Caractères généraux
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Sensibilité aux antibiotiques
Caractères principaux
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Sensibilité aux antibiotiques
Classification
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Prévention
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Généralités
Pouvoir pathogène et habitat
Diagnostic biologique
Classification
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Chapitre 33: Bactéries spiralées
Généralités
Épidémiologie
Clinique
Caractères bactériologiques
Traitement
Conclusion
Généralités
Épidémiologie et pouvoir pathogène naturel
Caractères bactériologiques
Diagnostic bactériologique
Traitement
Généralités
Épidémiologie et pouvoir pathogène naturel
Caractères bactériologiques
Diagnostic direct
Diagnostic indirect ou sérologique
Traitement
Conclusion
Chapitre 34: Mycobactéries
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Démarche diagnostique
Règles de sécurité et législation
Prélèvements
Décontamination, fluidification, concentration
Examen microscopique
Méthodes de culture
Identification à partir des cultures
Détection génomique
Étude de la sensibilité aux antibiotiques
Diagnostic immunologique rapide
Recherche du bacille de la lèpre
Recherche de Mycobacterium ulcerans (ulcère de Buruli)
Chapitre 35: Mycoplasmes
Généralités
Pouvoir pathogène et habitat
Caractères généraux
Diagnostic bactériologique direct
Étude de la sensibilité aux antibiotiques
Sérologies
Chapitre 36: Bactéries cytoparasites obligatoires
Introduction
Taxonomie
Caractéristiques biologiques des Chlamydia
Pouvoir pathogène (Tableau 36.2)
Diagnostic bactériologique direct
Sérodiagnostic
Sensibilité aux antibiotiques
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Conclusion
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Caractères généraux d’orientation et de différenciation du genre
Diagnostic bactériologique
Conclusion
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène chez l’homme
Caractères généraux d’orientation et de différenciation du genre
Diagnostic bactériologique
Conclusion
Chapitre 37: Bactéries anaérobies strictes
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Sensibilité aux antibiotiques et traitement
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Sensibilité aux antibiotiques et traitement
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Sensibilité aux antibiotiques et traitement
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Sensibilité aux antibiotiques et traitement
Généralités
Habitat et pouvoir pathogène
Diagnostic bactériologique
Sensibilité aux antibiotiques et traitement
Partie IV: Rôle du laboratoire dans l’instauration et la surveillance d’un traitement antibiotique
Chapitre 38: Instauration et surveillance d’un traitement antibiotique
Bactériostase et bactéricidie
Antibiogramme
Tests phénotypiques complémentaires
Étude des associations d’antibiotiques
Rôle du biologiste dans la prestation de conseils en antibiothérapie
Rôle du biologiste dans la surveillance de l’épidémiologie de la résistance
Chapitre 39: Dosage des antibiotiques : pourquoi, comment ?
Pourquoi
Comment
Conclusion
Partie V: Démarches, documentation et adresses utiles
Chapitre 40: Liste des maladies bactériennes à déclaration obligatoire (MDO)
Chapitre 41: Centres nationaux de référence (CNR)
Chapitre 42: Sites Internet
Chapitre 43: Liste et adresses des principales sociétés

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